Η Περιφερειακή Ενότητα Λασιθίου φιλοξενεί μερικά από τα πιο ενδιαφέροντα μοναστήρια της Κρήτης. Με τα περισσότερα μοναστήρια να μην είναι γνωστό πότε ακριβώς ιδρύθηκαν, τα μοναστήρια του Λασιθίου ξεχωρίζουν για την μεγάλη ιστορία τους και τα σπάνια κειμήλια που αποδεικνύουν την ορθόδοξη παρουσία στην Κρήτη, ενώ αξίζει να αναφερθεί πως τα περισσότερα μοναστήρια της περιοχής έπαιξαν καθοριστικό ρόλο σε σημαντικά γεγονότα της ελληνικής ιστορίας.
Μονή Τοπλού
Ένα από τα πιο ιστορικά μοναστήρια του νομού Λασιθίου στο πιο ανατολικό άκρο της Κρήτης είναι η μονή Τοπλού. Μοναστήρι με ενετική αισθητική και άγνωστη ημερομηνία ίδρυσης που σύμφωνα με τις εκτιμήσεις των ειδικών, βρίσκεται κάπου στον 16ο αιώνα, η μονή Τοπλού είναι η σημαντικότερη και πλουσιότερη μονή της Κρήτης που, παρά τις αλλεπάλληλες καταστροφές που υπέστη στην διάρκεια της ιστορίας της, ανακαινίστηκε και δεν σταμάτησε να λειτουργεί. Μεταξύ άλλων, η μονή σήμερα ξεχωρίζει για το περίτεχνο καμπαναριό της, που χρονολογείται με πολλές επιφυλάξεις στο 1555, ενώ οι εικόνες της μονής έχουν χαρακτηριστεί ως ο πρόδρομος της κρητικής ορθόδοξης τέχνης.
Σπηλαιώδες εκκλησάκι του Τιμίου Σταυρού
Πάνω σε έναν ογκώδη βράχο ύψους 200 μέτρων με την ονομασία Καστέλο, που κάποτε ήταν το φυσικό φρούριο του οικισμού της Καλαμαύκας, και μετά από ανάβαση 248 σκαλοπατιών, βρίσκεται το σπηλαιώδες εκκλησάκι του Τιμίου Σταυρού. Εντυπωσιακό χάρη στην τοποθεσία του, το εκκλησάκι έχει χτιστεί σε τοποθεσία που έχει χαρακτηριστεί ως ακρόπολη της αρχαίας Λάρισας των Μινωιτών λόγω των πολλών σχετικών αρχαιολογικών ευρημάτων στην περιοχή.
Ιερός ναός Παναγίας Σκεπαστής
Ναός που έχει δώσει το όνομά του στο κοντινό χωριό Σκεπαστή, ο Ιερός Ναός της Παναγίας της Σκεπαστής περιβάλλεται από έναν ενδιαφέροντα ιδρυτικό θρύλο. Σύμφωνα με την παράδοση, πολλές γυναίκες του χωριού είχαν αιχμαλωτιστεί κάποια στιγμή από τους Οθωμανούς και πουλήθηκαν ως σκλάβες στη Σμύρνη, ενώ ανάμεσά τους ήταν και η παπαδιά του χωριού. Μετά από πολύ κόπο και αναζήτηση, ο πάπας του χωριού, που δεν σταμάτησε να ψάχνει την σύζυγό του, πήγε στην Σμύρνη και βρήκε την γυναίκα του, αλλά δεν κατάφερε να την φέρει πίσω και προς ανάμνηση του γεγονότος, αποφάσισε να χτίσει μια νέα εκκλησία στο χωριό στην οποία μέχρι σήμερα βρίσκεται σχετική επιγραφή που μνημονεύει το γεγονός.
Ιερός ναός Αγίας Αικατερίνης
Αν και φαίνεται σχετικά νέος, ο ναός της αγίας Αικατερίνης ανοικοδομήθηκε στις αρχές του 19ου αιώνα και ταυτίζεται με βεβαιότητα με τη θέση του ναού της Santa Caterina του τάγματος των Αυγουστινιανών. Το πρώτο κωδωνοστάσιο του ναού κατασκευάστηκε το 1938, ενώ στις αρχές της δεκαετίας του 1950, έγινε επέκταση του Ιερού Βήματος με δύο βοηθητικούς χώρους.
Μονή Αρετίου
Μοναστήρι αφιερωμένο στην Αγία Τριάδα, η μονή Αρετίου είναι ένα από τα πιο ενδιαφέροντα μοναστήρια στην ανατολική Κρήτη. Έχοντας ιδρυθεί κάπου στον 16ο αιώνα, η μονή κατάφερε πολύ γρήγορα να εξελιχθεί σε σημαντικό μοναστηριακό κέντρο της περιοχής που συγκέντρωσε υπό τον έλεγχο του μικρότερα διάσπαρτα μετόχια, ενώ στην διάρκεια της Επανάστασης του 1821, κάηκε ολοσχερώς με αποτέλεσμα να καταστραφούν τα αρχεία και τα κειμήλια της. Σήμερα, η μονή έχει αναστηλωθεί πλήρως φιλοξενώντας στο εσωτερικό της σπάνιες εικόνες που χρονολογούνται στον 17ο αιώνα.
Ιερός ναός Αγίου Γεωργίου (Βόιλα)
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στον ερειπωμένο οικισμό της Βόιλας στη Σητεία και ξεχωρίζει για το εντυπωσιακό θύρωμά του, αλλά και για το σπάνιο για τα ελληνικά δεδομένα αρκοσόλιο, το ταφικό μνημείο στο εσωτερικό του. Αν και δεν είναι γνωστό πότε ακριβώς ιδρύθηκε ο ναός, οι ημερομηνίες θανάτου των κτητόρων του ναού που αναγράφονται σε δύο επιγραφές στο εσωτερικό δείχνουν πως ο ναός ιδρύθηκε κάπου στον 16ο αιώνα, ενώ εξίσου ενδιαφέρουσες είναι η τοιχογραφία της Παναγίας της Βρεφοκρατούσας και η μικροσκοπική αναπαράσταση κηδείας στην κτητορική επιγραφή του ναού.
Mονή Κρεμαστών
Η γυναικεία Μονή Κρεμαστών ή Κρεμαστής βρίσκεται νότια της Νεάπολης σε μεγάλο ύψος έχοντας θέα στην πεδιάδα της Νεάπολης και των Λιμνών. Χτισμένη σε φρουριακό ρυθμό σε μια απότομη και κατάφυτη πλαγιά του όρους Καβαλλαρά. Η μονή δίνει την εντύπωση ότι κρέμεται στον αέρα, πράγμα που δικαιολογεί και το αλλιώτικο όνομά της, ενώ εικάζεται ότι χτίστηκε το 1593 και, σύμφωνα με τις πηγές, έπαιξε καθοριστικό ρόλο στην ανάπτυξη της παιδείας στην περιοχή. Σε πολύ κοντινή απόσταση βρίσκεται και η εξίσου γνωστή Μονή Κουφής Πέτρας, που είναι αφιερωμένη στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου.
Κουφή Πέτρα
Μονή με άγνωστη ημερομηνία ίδρυσης που πιθανότατα ανάγεται στα τέλη του 15ου αιώνα, η μονή Κουφής Πέτρας αναφέρεται για πρώτη φορά σε συμβόλαια του 1630. Οι σημερινές εγκαταστάσεις της μονής χρονολογούνται στον 19ο αιώνα, ενώ εντύπωση προκαλούν και τα ερείπια σπηλαιώδους ναού πλησίον της μονής που ήταν οικοδομημένος πάνω σε κούφιο βράχο, πράγμα που δικαιολογεί και την ονομασία της μονής. Σήμερα, η μονή λειτουργεί ως γυναικείο μοναστήρι και είναι ανοιχτή στο κοινό.
Μονή Εξακουστής
Ακολουθώντας μια διαδρομή με θέα το νότιο Κρητικό πέλαγος, οι επισκέπτες καταλήγουν γρήγορα στην μονή Εξακουστής. Πάρα την σπουδαιότητα της μονής, λίγα είναι γνωστά για την ίδρυση ή την ημερομηνία ίδρυσης της, ενώ σύμφωνα με τις εκτιμήσεις των αρχαιολόγων, η μονή ιδρύθηκε σε περιοχή, όπου είχαν ακμάσει παλαιότερες μορφές μοναχισμού. Σύμφωνα με την παράδοση, στην θέση της μονής υπήρχε παλαιότερο μοναστήρι που καταστράφηκε κατά την διάρκεια της Τουρκοκρατίας, ενώ η εκ νέου ανάπτυξη της μονής άρχισε ξανά στα μέσα του 19ου αιώνα και κράτησε μέχρι το 1930 περίπου. Από το 1961, η μονή ανακαινίστηκε εκ βάθρων και σήμερα λειτουργεί κανονικά.