Γνωστό για τον ποιμενικό του χαρακτήρα και τις πλαγιές του Ψηλορείτη, το Ρέθυμνο είναι ένα από τα πιο ενδιαφέροντα σημεία στην Κρήτη. Έχοντας αποτελέσει σταυροδρόμι πολιτισμών ήδη από την αρχαιότητα, η περιοχή του Ρεθύμνου φιλοξενεί σημαντικά ιστορικά μνημεία που τραβούν το ενδιαφέρον επισκεπτών και ντόπιων, ενώ αξίζει να αναφερθεί πως τα θρησκευτικά και εκκλησιαστικά μνημεία του Ρεθύμνου συγκαταλέγονται στα σημαντικότερα και ιστορικότερα της Κρήτης. Μάλιστα, δεν είναι καθόλου τυχαίο το γεγονός πως σε αυτά τα μοναστήρια, οι επισκέπτες μπορούν να θαυμάσουν σπάνια κειμήλια της εκκλησιαστικής τέχνης που δύσκολα συναντώνται σε άλλες περιοχές της Ελλάδας.
Μονή Αρκαδίου
Χτισμένη σε μια προνομιακή τοποθεσία στον Ψηλορείτη, η μονή Αρκαδίου θεωρείται ως ένα από τα ιστορικότερα μοναστήρια της Περιφερειακής Ενότητας Ρεθύμνου. Έχοντας οικοδομηθεί την περίοδο μεταξύ 961 και 1014 μ.Χ. ή ακόμα και στα πρώτα χρόνια της Βενετοκρατίας, η μονή συνδυάζει διαφορετικά αρχιτεκτονικά στυλ, από ρωμαϊκά και βυζαντινά μέχρι μπαρόκ στοιχεία. Στη διάρκεια της Κρητικής Επανάστασης του 1866, η μονή λειτούργησε ως καταφύγιο γυναικόπαιδων και με εντολή του τότε ηγούμενου, ανατινάχτηκε, ώστε να μην παραδοθεί στους Τούρκους. Σήμερα, η μονή είναι ανοιχτή στο κοινό και δέχεται επισκέπτες και προσκυνητές από όλο τον κόσμο.
Μονή Καλοείδενας
Χτισμένη σε ένα καταπράσινο τοπίο στο χωριό Άνω Μέρος Αμαρίου βρίσκεται η μονή Καλοείδενας. Σύμφωνα με τις εκτιμήσεις των ειδικών, η μονή χτίστηκε κάπου μεταξύ του 13ου και 14ου αιώνα, ενώ με την υποστήριξη της οικογένειας Βαρούχα συνέχισε να λειτουργεί κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας. Το 1823, η μονή καταστράφηκε σε αντίποινα των Τούρκων για τη βοήθεια που παρείχαν οι μοναχοί στην Επανάσταση με αποτέλεσμα να παραμείνει για αιώνες έρημη και εγκαταλελειμμένη. Το 1992, μετά από κατάρρευση του τρούλου, αποφασίστηκε η αναστήλωση του μοναστηριού με σεβασμό στην αρχική μορφή του χώρου.
Μονή Πρέβελη
Η μονή Πρέβελη είναι μία από τις σημαντικότερες μονές της Κρήτης και, στην πραγματικότητα, αποτελείται από δύο μοναστήρια: την Κάτω Μονή του Προδρόμου και την Πίσω Μονή του Θεολόγου, που είναι και το κύριο μοναστήρι. Έχοντας ιδρυθεί τον 16ο αιώνα, η Πίσω Μονή του Θεολόγου λειτουργεί ως ανδρικό μοναστήρι και είναι πλήρως επισκέψιμη και ανοιχτή στο κοινό απέχοντας μόλις 36 χιλιόμετρα από την πόλη του Ρεθύμνου. Η μονή πήρε το όνομά της από τον ανακαινιστή της, Ακάκιο Πρέβελη, και συμμετείχε πολλές φορές στις διάφορες Κρητικές Επαναστάσεις με αποτέλεσμα να δέχεται συχνά τα αντίποινα των Τούρκων, ενώ στη διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, συνέβαλε στη μεταφορά στρατιωτών προς την Αίγυπτο.
Βυζαντινός ναός Αγίας Άννας
Η Αγία Άννα αποτελεί έναν από τους σημαντικότερους ναούς της Κρήτης, καθώς διατηρεί στο εσωτερικό της μερικές από τις παλαιότερες τοιχογραφίες του νησιού που χρονολογούνται στο 1225. Ο ναός πέρασε από διάφορες αρχιτεκτονικές φάσεις κυρίως λόγω των συνεχών καταρρεύσεων που υπέστη εξαιτίας των σεισμών που έπληξαν την Κρήτη το 1303, ενώ παρά τις συνεχείς ανακατασκευές του κατά τα βυζαντινά χρόνια, διατήρησε σε μεγάλο βαθμό την αρχική του αισθητική. Ως σημαντικότερες κρίνονται οι τοιχογραφίες της Δέησης με το Χριστό ένθρονο, της Παναγίας της Αγιοσορίτισσας και του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου.
Μονή Βοσάκου
Περίπου 50 χιλιόμετρα από την πόλη του Ρεθύμνου, βρίσκεται η μονή Βοσάκου. Μοναστήρι με φρουριακό χαρακτήρα και άγνωστη ημερομηνία ίδρυσης, η μονή Βοσάκου λειτουργούσε σίγουρα κατά το 1676, όταν και απέκτησε σταυροπηγιακό χαρακτήρα, αλλά ερήμωσε πλήρως στο δεύτερο μισό του 20ου αιώνα. Κατά τη διάρκεια της Επανάστασης του 1821, πυρπολήθηκε από τους Τούρκους με αποτέλεσμα να καταστραφεί ολοκληρωτικά η βιβλιοθήκη της, ενώ τότε χάθηκαν και πολλά σημαντικά κειμήλιά της. Σε απογραφή του 1941, είχαν καταγραφεί τρεις μοναχοί, ενώ το 1955 το μοναστήρι ερήμωσε οριστικά. Το 1935, η μονή κρίθηκε διατηρητέα και η αναστήλωση της άρχισε το 1998.
Καθολικός ναός Αγίου Φραγκίσκου
Ο ναός του Αγίου Φραγκίσκου αποτελούσε καθολικό της ομώνυμης μονής του τάγματος των Φραγκισκανών μοναχών στο Ρέθυμνο και η ίδρυση του ανάγεται χωρίς βεβαιότητα στις αρχές του 16ου αιώνα μ.Χ. Ο ναός απέκτησε ιδιαίτερη αίγλη, καθώς αποτελούσε έδρα της αδελφότητας της Παναγίας των Καρμελιτών και χώρο ταφής ευγενών αξιωματούχων, ενώ μετά την Οθωμανική κατάκτηση του Ρεθύμνου, ενσωματώθηκε στο τζαμί της πόλης και μετατράπηκε σε πτωχοκομείο. Σήμερα, από τη μονή διασώζεται μόνο το καθολικό και κάποια άλλα κτίσματα.
Μητρόπολη
Ο μητροπολιτικός ναός του Ρεθύμνου ή αλλιώς η Mεγάλη Παναγία, θεμελιώθηκε στις 10 Aπριλίου του 1844, ενώ οι εργασίες αποπεράτωσης του ναού ολοκληρώθηκαν το 1856. Ο ναός αυτός επιβίωσε μόνο για εκατό χρόνια μέχρι το 1956, καθώς οι συστηματικοί γερμανικοί βομβαρδισμοί κατά τον B’ Παγκόσμιο Πόλεμο δημιούργησαν εκτεταμένες καταστροφές με αποτέλεσμα ο αρχικός ναός να μη μπορεί να σταθεί και αναγκαστικά να κατεδαφιστεί. Στη θέση του παλαιού ναού, οικοδομήθηκε ο νέος ναός των Eισοδίων της Θεοτόκου που ξεχωρίζει για το πυργοειδές κωδωνοστάσιο και τον ιδιαίτερο εσωτερικό διάκοσμο με το ξυλόγλυπτο τέμπλο του 1852 και τις σπάνιες φορητές εικόνες.
Βυζαντινή μονή Ασωμάτων
Η μονή Ασωμάτων βρίσκεται 35 χιλιόμετρα νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου, στο μέσο της εύφορης κοιλάδας του Αμαρίου ανάμεσα στο Όρος Κέδρος και στον Ψηλορείτη και ιδρύθηκε κάπου κατά τη Β’ Βυζαντινή Περίοδο. Ο κυρίως ναός της μονής είναι αφιερωμένος στη Σύναξη των Αρχαγγέλων, που είναι γνωστοί και ως Ταξιάρχες ή Ασώματοι, ενώ η μονή συνδέθηκε με την οικογένεια Βαρούχα και πυρπολήθηκε από τους Οθωμανούς κατά την κατάληψη της Κρήτης. Στη μονή, βρίσκονται οι εικόνες της Αγίας Τριάδας και των Ταξιαρχών που χρονολογούνται στο 1619 και στο 1755 αντίστοιχα, ενώ αρκετά σκεύη της μονής φυλάσσονται στο Ιστορικό Μουσείο Κρήτης.
